环境微生物中的定量PCR

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环境(如土壤、粪便及水环境等)微生物种属多样性以及功能基因差异是目前农学和医学研究的热点之一。通过16s rRNA可变区的高通量测序,一定程度上对环境中的微生物进行了属的鉴定。但对环境中的功能基因无法进行鉴定分析,目前还只能靠定量PCR方法进行检测。

基本流程

 

 

技术优势

(1)       本公司拥有多种微生物(如:总细菌、芽孢杆菌、氨氧化细菌等)检测的质粒标准品,而且这些标准品扩增效率高,特异性强,方便的用于后续的细菌种属的qPCR绝对定量分析。

(2)       本公司构建了多种微生物的功能基因(如:nirSnirK以及nosZ等)质粒标准品,这些标准品扩增效率高,标准曲线相关系数(R2)均在0.98以上。

客户须知:

环境微生物中的定量PCR

 

周期

最终提供客户资料

环境微生物中的定量PCR

 

20-30个工作日(视样品和基因数目而定

详细实验总结报告(包括基因组DNA提取、质粒标准品制备过程及测序、标准品和未知样品扩增曲线、标准曲线、熔点曲线、相对表达分析结果,统计分析等)

 

案例:

本实验对土壤中反硝化细菌中的关键功能基因亚硝酸盐还原酶(nirKnirS)和一氧化氮还原酶(nosZ)基因进行绝对定量分析,从而探讨了氮相关功能微生物群落丰度与环境因子的关系。本实验中的质粒标准品全部来自于本公司构建并测序,特异性和灵敏度较高。

Ø  不同土壤样品中nirSnirKnosZ基因扩增的标准曲线和扩增曲线

客户提供:

样品类型

土壤和粪便样本

水环境样本

样品需要量

500 mg

 

5ml

取样和保存环境

无菌管收集,最好保存在-20℃或-80

无菌管收集、离心,最好保存在-20℃或-80

运输

杭州市内干冰上门取样;

外地客户干冰快递运输;

组织保存液,冰袋运输

杭州市内干冰上门取样;

外地客户干冰快递运输;

 

*(经本公司评估后,实验没有结果,不收取任何费用)

 

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